Растительные токсины могут концентрироваться как во всех частях растения, так и в специализированных органах. Известны примеры узкой локализации фитотоксинов. Например, в семядолях плодовых многих розоцветных содержится придающий им горький вкус цианогликозид амигдалин, при распаде которого образуется синильная кислота с характерным запахом «горького миндаля». Концентрация цианидов именно в семядолях способствует защите ювенильных проростков как наименее конкурентноспособных особей в популяциях растений.

Содержание амигдалина (в %) в семенах горького миндаля – 2,5-3, 5, в косточках персика – 2-3, абрикоса и сливы – 1-1,8, вишни – 0,8. Кроме того, амигдалин присутствует в плодах лавровишни, яблони, рябины и других растений. У черемухи и лавровишни значительное содержание амигдалина обнаружено также в листьях. Тяжелое отравление может иногда наступить после употребления в пищу 1 – 3 десятков косточек абрикоса (урюка), содержащих до 1 мг амигдалина. Из косточек вишни амигдалин может переходить в пищевые продукты (компоты, варенья, настойки), хранящиеся более 1 года.

Известны случаи отравления скота жмыхом горького миндаля. Из дикого миндаля (в который в качестве подвида входит и горький миндаль) выведены культурные сорта сладкого миндаля – практически без амигдалина, со съедобными ядрами, применяющимися в кондитерской промышленности. У среднеазиатского эминиума  Лемана подземные клубни, содержащие комплекс различных высокотоксичных соединений, используются для уничтожения крупных хищников, в то время как их сочные мясистые корни употребляют для утоления жажды.

Сезонность содержания токсичных веществ определяется особенностями функционирования различных органов растений в течение годового цикла. В запасающих подземных органах, например, максимум токсинов сосредоточено в период зимнего покоя (от листопада до распускания листьев), в надземных частях – апогей их содержания в период цветения. У некоторых растений наиболее ядовиты недозрелые плоды и семена (мак, горчицы, паслены, крушина ломкая). Однако большинство плодов наиболее токсично после созревания.